深海棲艦物観測機構群での艦娘の教育・訓練は「艦娘」の保護～育成～自立までの支援と運用、「深海棲物（俗称：深海棲艦）」への対応に関する一切を任務とするため、日常から司令官をはじめ艦娘を含めた各員が高い資質と能力を持つとともに、艦隊としても高いレベルを保ち、実力をいつでも発揮できる態勢を保持することを目的としています。その意味から、教育・訓練そのものが、日常的な主要な任務のひとつともいえます。各員に対する教育・訓練は、それぞれの艦種・職種ごとに、また各員の能力レベルに応じて、｢基礎教育｣と｢技能訓練｣が段階的に行われます。｢基礎教育｣は艦娘としての資質を養うとともに、職務遂行の基礎となる知識や技能を修得することを目指し、｢技能訓練｣は、演習訓練を行うことによって練度を向上させ、艦娘として活躍できる能力を作り上げることを目的としています。