深海棲物観測機構群では「艦娘」の保護～育成～自立までの支援と運用、「深海棲物（俗称：深海棲艦）」への対応に関する一切を任務として活動しています。

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また、各任務のさらなる質向上にむけて民間組織や個人と連携して活動を遂行しています。